Hauptstadt des zweitältesten Königreichs von Sri Lanka war Polonnaruwa durch König Vijayabāhu I. (reg. 1055-1110) geworden, der die Chola-Invasoren 1070 zurückschlagen konnte und das Land wieder unter einheimischer Führung vereinigte. Er verzichtete darauf, das 993 zerstörte Anurādhapura wieder zur Hauptstadt zu machen und übernahm die von den Chola gegründete Stadt Polonnaruwa. Ihre Blüte verdankte die ausgedehnte antike Stadt allerdings seinem Enkel Parākrama Bāhu I. (reg. 1153-1186). Während dieser Zeit beherbergte Polonnaruwa auch die Zahn-Reliquie Buddhas, die heute in Kandy aufbewahrt ist.

Der Niedergang der Stadt kam mit König Magha (reg. 1215-1236), einem Eroberer aus den Reihen der Kalingas. Er plünderte und zerstörte zahllose Bauten und Polunnaruwa versank im Chaos. Nach über zwei Jahrzehnten konnten die Eindringlinge endlich verjagt werden. Polunnaruwa wurde aber nie wieder Hauptstadt. Im Jahre 1288 wurde die Stadt aufgegeben.

Polunnaruwa wurde vom Dschungel überwuchert. Erst 1820 wurde sie von einem britischen Leutnant wiederentdeckt.